Могу ли я вычистить папки System Restore на дисках С и D, не опасно ли это? Их размер более 2 Гб.

Эти папки используются для хранения точек восстановления системы, их можно задействовать при нестабильной работе. Если они вам не нужны, эту функцию можно отключить. Для этого зайдите 8 Свойства системы (в Windows ХР путь такой: Панель управления - Система: в Windows Vista: Панель управления • Система » Дополнительные параметры системы).
Потом на вкладку Защита системы и отключите функцию восстановления в нужных разделах.